Начиная с версии 1.4.2, Java SDK поддерживает действиеuum_indexes.
Запустите эту команду для удаления неиспользуемых индексов:
./<appengine-java-sdk-path>/bin/appcfg.sh vacuum_indexes <myapp-path>/war
В Windows с Eclipse SDK это что-то вроде:
<eclipse-path>\plugins\com.google.appengine.eclipse.sdkbundle_1.4.3.v201103311225\appengine-java-sdk-1.4.3\bin\appcfg.cmd vacuum_indexes <myapp-path>\war