При условии, что вы хотите добавить две панели в один кадр:
Установите макет для родительского JFrame и добавьте две панели. Что-то вроде следующего
JFrame frame = new JFrame();
//frame.setLayout(); - Set any layout here, default will be the form layout
JPanel panel1 = new JPanel();
JPanel panel2 = new JPanel();
frame.add(panel1);
frame.add(panel2);
Если вы хотите добавить одну панель поверх другой
JFrame frame = new JFrame();
JPanel panel1 = new JPanel();
JPanel panel2 = new JPanel();
frame.add(panel1);
panel1.add(panel2);
Нет ограничений на количество панелей, добавляемых в JFrame. Вы должны понимать, что все они являются контейнерами, если смотреть на более высокий уровень.