Если у вас есть файл, и один человек добавляет в него строку, а другой человек удаляет из него строку, объединение двух измененных версий в двух направлениях скажет вам, что они разные, но не то, что нужно сделать, чтобы «согласовать» перемены; diff покажет две дополнительные строки в одном из файлов, поэтому, если вы не знаете, какими были изменения, может быть неясно, каким должно быть слияние.
Трехстороннее слияние, с другой стороны, ясно указывает на то, что одна строка была удалена, а другая добавлена. Нет никакой двусмысленности, когда вы можете увидеть обе версии файла, отличающиеся от их общего предка.