Вы уже очистили кеши на сервере? Вы используете Varnish или любой другой обратный прокси / статический кеш, который необходимо очистить?
Что происходит, когда вы отключаете и удаляете модуль, а затем очищаете все кеши?
Что говорят ваши журналы ошибок PHP, Apache и MySQL?
Если очистка кешей не дает результата:
1) Проверьте файл thenameoftheadmodule.module и найдите _menu (или thenameoftheadmodule_menu).
2) Проверьте, каково состояние путей обратного вызова, найденных в хуке меню внутри таблицы маршрутизатора меню.
3) Отладьте каждый элемент меню (или тот, который не работает), и отладчик скажет вам, что не так.