В общем случае MySQL «AUTO_INCREMENT» следует использовать при выборе генерации значения «IDENTITY», и в Sybase SERIAL, и в DB2 ... и т. Д. Некоторые СУБД не имеют чего-то эквивалентного.
Генерация значения "AUTO" предназначена для реализации, чтобы выбрать то, что лучше всего подходит для этого хранилища данных. Да, в MySQL они могут выбрать AUTO_INCREMENT, а в Sybase SERIAL, в Oracle SEQUENCE и т. Д. И т. Д., Но с точки зрения пользовательского кода, что можно (нужно) работать в любой спецификации, соответствующей спецификации. Очевидно, что вы не можете затем переключать реализации JPA и ожидать, что он будет использовать точно такой же механизм, поскольку JPA impl # 1 может выбрать AUTO_INCREMENT в MySQL, а JPA impl # 2 может выбрать некоторый внутренний механизм и т. Д. И т. Д.