Нет схемы или документации, определяющей структуру файла определения цели (.target). Это связано с тем, что файловая структура не предназначена для API (она может меняться в зависимости от выпуска).
Структура уже несколько раз менялась. Код, используемый для сериализации / десериализации файла, можно найти в следующих классах:
org.eclipse.pde.internal.core.target.TargetDefinitionPersistenceHelper
org.eclipse.pde.internal.core.target.TargetPersistence38Helper
org.eclipse.pde.internal.core.target.TargetPersistence36Helper
org.eclipse.pde.internal.core.target.TargetPersistence35Helper
org.eclipse.pde.internal.core.target.TargetPersistence34Helper