Если вы хотите, чтобы ваше приложение работало как на .NET, так и на Mono, я бы предложил для чего-то вроде log4net, чтобы вы поставили версию log4net, которую хотите использовать с вашим приложением. Просто используйте эту конкретную версию, и она сможет нормально работать в любой среде выполнения.