Предполагается, что вы говорите о загрузке swfs внутри swfs:
Свойство background color используется только при открытии swf внутри автономного плеера. Внутри браузера вы можете установить это свойство с помощью swfobject (доступны другие методы встраивания), в противном случае оно всегда прозрачно. На самом деле, в опциях компиляции это называется 'default-background-color', а не 'background-color', я думаю, что они должны обновить это в Flash IDE, чтобы было понятнее ...
Я бы порекомендовал нарисовать или поместить рисунок с нужным цветом фона прямо под загруженным SWF.
Надеюсь, это поможет вам