Требуется преобразовать только «короткий». Массив байтов, идентичный на большой / младшей платформе с прямым порядком байтов.
Итак, просто прочитайте структуры и сделайте что-то вроде этого:
data.F2 = ((uint) data.F2 >> 8) | (((uint) data.F2 & 0xFF) << 8); </p>
и
data.CLENGTH = ((uint) data.CLENGTH >> 8) | (((uint) data.CLENGTH & 0xFF) << 8); </p>