Вы не показываете весь код, поэтому самое простое решение будет:
data = data[1] + data[0]
Если вы настаиваете на использовании struct
:
>>> from struct import pack, unpack
>>> unpack('<H', '\x12\x13')
(4882,)
>>> pack('>H', *unpack('<H', '\x12\x13'))
'\x13\x12'
Который сначала распаковывает строку как шорт без знака с прямым порядком байтов, а затем упаковывает ее обратно как шорт без знака с прямым порядком байтов Вы можете иметь это наоборот, конечно. При конвертации между BE и LE не имеет значения, в какую сторону вы конвертируете - функция конвертации является двунаправленной.