К сожалению, среда внутри одной песочницы JS (например, внутри окна или рамки браузера) на самом деле не была разработана для поддержки современного мира загрузки сценариев из разных мест; Вы не можете сказать «определите этот объект и сделайте его устойчивым к переопределению». (Вы даже можете переопределить большинство встроенных Javascript, если попытаетесь!)
Ваш лучший способ - убедиться, что ваш код eval'd последний, что дает вам окончательное мнение о состоянии среды при запуске. Это не означает, что другой код не может появиться позже и затереть ваши определения, но это, как правило, очень плохая форма. Вы можете сделать это, например, указав тег скрипта последним элементом в теле документа.
См. Также этот метод jQuery, который не поможет вам напрямую, но заставляет задуматься о некоторых решениях для совместного использования страниц: http://api.jquery.com/jQuery.noConflict/