Нет, нет разницы между этими двумя при использовании таким образом. Последняя форма (с использованием defined()) полезна, когда начальные #if или одно из последующих #elif условий требуют более сложного теста. #ifdef по-прежнему будет работать, но, возможно, в этом случае будет понятнее использование #if defined(). Например, если ему необходимо проверить, определено ли более одного макроса или равно ли оно определенному значению.
Дисперсия (при использовании обоих в файле) может зависеть от конкретных тонкостей в использовании, как указано выше, или просто плохой практики из-за несовместимости.