Я видел эту проблему несколько раз, обычно с базой данных поставщиков.
Если это в Windows, вы можете создать службу Windows в качестве посредника между службой SOAP и базой данных. Затем поместите очередь сообщений (либо MSMQ, либо реализацию JMS, такую как MQ Series) между службой SOAP и службой Windows для асинхронной связи. Таким образом, проблемы с производительностью базы данных больше не будут влиять на службу SOAP. Это решение, однако, достигается за счет повышенной сложности.
Обратите внимание, что веб-служба .NET может вызываться и асинхронно отвечать своим клиентам. Я не уверен, если это возможно с сервисом Java SOAP.
Если это какой-то вариант Unix, я предполагаю, что он имеет аналогичную функциональность для службы Windows - возможно, демон.