Из документов, на которые вы ссылаетесь, это, очевидно, должно поддерживаться.
Вы можете попробовать
int hasGEOM = isExtensionSupported("EXT_geometry_shader4");
Если он вернется утвердительно, у вас может возникнуть другая проблема, не позволяющая ему работать.
Также в соответствии со спецификацией GLSL (1.20.8) «Сначала должно быть разрешено любое расширенное поведение.
Директивы для управления поведением компилятора в отношении расширений объявляются директивой #extension "
Я не видел, чтобы вы использовали эту директиву в своем коде, поэтому я могу предложить
#extension GL_EXT_geometry_shader4 : enable
В верхней части блока кода вашего шейдера.