Как вы встраиваете SWF-файл?
Это может быть разницей между и IE, вызывающим проблему.
Простым решением может быть использование SWFObject http://code.google.com/p/swfobject/
Это файл JavaScript, который автоматизирует вставку SWF на основе браузера. Возможно, стоит попробовать, потому что это может исправить проблемы браузера с SWF-файлами.
Используется следующим образом:
<script type="text/javascript" src="swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript">
// <![CDATA[
var so = new SWFObject("main.swf", "mainMovie", "100%", "100%", "9", "#083770");
so.addParam("scale", "noscale");
so.addParam("quality", "high");
so.addParam("allowScriptAccess","always");
so.write("flashcontent");
Таким образом, скрипт помещает swf в соответствующие теги для используемого браузера.