Если реклама показывается во флэш-памяти, а wmode не установлен на «прозрачный», z-индекс всегда будет бесконечным и превысит другой контент. Смотри http://www.communitymx.com/content/article.cfm?cid=e5141.
Есть некоторые хаки, которые заставляют его работать в определенных браузерах в определенных операционных системах, но они ненадежны и не имеют комплексных решений, которые работают во всех случаях, насколько я знаю, см. http://www.sitepoint.com/forums/printthread.php?t=158317&pp=25&page=2 (и ищите решение по "mhulse".)
В IE 6 также есть ошибка, когда элемент <select> имеет бесконечный z-индекс, если над ним не помещен IFrame, который работает в большинстве случаев, но, скорее всего, это будет флэш-анимация.
EDIT : Мне кажется, что я помню, что в браузерах, отличных от IE, этот z-индекс относится к элементу блока (обычно DIV) со стилем "position: relative", тогда как в IE это относительно документа по крайней мере в некоторых версиях, так что это скорее глобальный, а не локальный z-index может быть, поэтому.