Имеет ли смысл физически кластеризовать таблицу в соответствии с этим?
Я думаю, что это имеет смысл, в зависимости от того, как вы выбираете свои данные. Например, если одним из наиболее важных вариантов использования для выбора данных является SELECT fields FROM tablename WHERE app_user = something
, то это будет более эффективно, если все выбранные записи объединены, т.е. если app_user является кластеризованным индексом.
Если так, как я могу это сделать?
Я думаю, что вы Google "кластерный индекс" для MySql .