Для каждого JSP компилятор JSP генерирует соответствующий класс Java. Поэтому, когда вы сохраняете JSP, Eclipse / MyEclipse выясняет, что ему необходимо выполнить сборку рабочей области, чтобы 1) запустить компилятор JSP и 2) скомпилировать полученный класс Java в байт-коды.
Я полагаю, что вы можете изменить это поведение (например, с помощью предпочтений Eclipse / MyEclipse), но я не использую MyEclipse, и в любом случае я не занимаюсь разработкой J2EE.