Я не совсем понимаю, какой график вы хотите создать. Точки определяются двумя координатами, и я могу представить, как можно сравнить несколько наборов данных для сравнения, чтобы учесть три параметра. Где четвертый вписывается? Хотите кластерную гистограмму?
В любом случае, если формат данных, который я получаю, не подходит для gnuplot, я обычно выполняю некоторую предварительную обработку для создания файла данных для gnuplot (используя Common Lisp или Perl).
Обновление: После вашего уточняющего комментария я бы преобразовал файл в этот формат:
# DATE, label-1-x, label-1-y, label-2-x, label-2-y, label-3-x, label-3-y
1, xx, yy, xx, yy, xx, yy
.
.
.