Если у вас включена публикация, у вас есть ссылка на главную страницу в разделе «Внешний вид» в «Настройках сайта». Вы можете заставить все дочерние сайты наследовать главную страницу от верхнего сайта, и тема, применяемая к этой главной странице, будет отображаться на всех дочерних сайтах, независимо от того, какая у них тема.
Также http://stsadm.blogspot.com/ имеет дополнительную опцию для stsadm, которая позволяет рекурсивно применять тему.