SQL Server CE (Compact Edition) - это самая легкая из доступных версий SQL Server. База данных хранится в одном файле (.sdf), а механизм базы данных размещается в процессе (например, это не отдельная служба Windows). Несмотря на то, что он поддерживает большинство стандартных SQL, существуют и более продвинутые функции, которые он не поддерживает, например хранимые процедуры (подробнее см. в этом PDF ). Кроме того, существуют ограничения при использовании Entity Framework с SQL CE (см. здесь ).
SQL Express гораздо больше похож на полноценный SQL Server, но для него требуется запуск отдельных служб на вашем компьютере, и он использует больше ресурсов, чем SQL CE. Если в какой-то момент вы планируете перейти на использование полнофункционального SQL Server, лучше всего использовать SQL Express.
Вы можете использовать встроенный в Visual Studio Server Explorer для администрирования любого типа базы данных, которую вы настроили, или, альтернативно, вы можете использовать SQL Server Management Studio (Express), который является более мощным. Я не уверен, что его можно использовать для администрирования баз данных SQL CE.