Выделенные пулы приложений, как правило, предотвращают влияние проблем, возникающих на одном сайте, на другие. Если вы разделяете пулы приложений между сайтами, вы можете отключить все сайты в окне, если существует условие ошибки только для определенного сайта (или пула приложений).
Кроме того, если вы смешиваете версии ASP.Net на одном и том же веб-сервере, вам потребуется как минимум разные пулы приложений для каждой версии ASP.Net или для каждого веб-сайта.
Я не могу вспомнить вескую причину не разделять пулы приложений, это так легко сделать.