Я пытаюсь пометить флэш-видео, но оно выдает длинный список "Неподдерживаемый кодек".
Итак, flv вообще не поддерживается? Нужно ли конвертировать его в .avi и водяной знак?
.avi
установите все библиотеки externall, которые поддерживает ffmpeg, и настройте его с помощью ffmpeg при компиляции из исходного кода.