Плоский файл считывается в плоскую структуру данных, по сути, это массив. Один большой плоский список ценностей.
Лучшим способом хранения данных является, например, двоичное дерево. эти данные не плоские, так как имеют корень и узлы.
Не плоская структура данных делает сортировку и поиск намного эффективнее.