В API JCR произвольный доступ в двоичном файле не поддерживается. Единственный обходной путь - использовать InputStream.seek (но вы можете только искать вперед). Конечно, вы можете создать временную таблицу и использовать для этого RandomAccessFile (или для небольших двоичных файлов редактировать их в памяти), но вы, вероятно, уже знаете это.