Вы должны добавить скомпилированные классы в ваш путь. Аргументы командной строки в основном похожи на javac с некоторыми дополнениями. Eg-
ajc -inpath library.jar -sourceroots path/to/sources -classpath $CLASSPATH
Флаг inpath может принимать файл jar, каталог или список, разделенный путем. Также обратите внимание, что классы в inpath переплетены, и в выходном каталоге создаются новые файлы классов.
Больше информации здесь: http://www.eclipse.org/aspectj/doc/released/devguide/ajc-ref.html
Что касается вашего второго вопроса, да. Аспекты могут быть в файлах .aj или .java. Однако рекомендуется .aj, поскольку эти файлы распознаются AJDT в редакторе. Конечно, если вы используете синтаксис стиля @Aspect, вы можете безопасно использовать .java даже в eclipse.