Я не знаю, PHPDocumentor позволяет что-то подобное.
Кроме того, использование одинаковой версии для всех файлов мне кажется неправильным. Аннотация версии дает версию для определенного файла. Если бы вы исправили ошибку в классе A, почему изменилась бы версия класса B?
Что касается вставки одних и тех же аннотаций в несколько документов, я предлагаю изучить шаблонную функцию ваших IDE. Обычно вы можете настроить подобные фрагменты и вставлять их с помощью сочетаний клавиш или при создании новых файлов.
Другой вариант - установить и заменить значения аннотаций при создании документации с помощью сценария развертывания, такого как Phing или Ant, или с помощью ловушки перед фиксацией в вашем хранилище кода.
РЕДАКТИРОВАТЬ Проходя руководство phpdocumentor снова, я нашел это:
Встроенный тег {@inheritdoc} используется в DocBlocks классов, методов и переменных класса дочерних классов. phpDocumentor автоматически унаследует теги @author, тег @version и тег @copyright от родительского класса. Кроме того, если нет комментариев к документации, он унаследует документацию родителя.
Обратите внимание, что если встроенный тег {@inheritdoc} отсутствует, а дочерний класс недокументирован, дочерний класс все равно будет пытаться наследовать документацию от родительского класса как есть. {@inheritdoc} позволяет гибко размещать документацию из родительского класса в документации дочернего класса.
Это не совсем то, что вы ищете, но это похожее направление.