Вы можете просто разделить ваши видео и рекламные кадры на разные слои на временной шкале.
При некотором планировании ваш FLV в идеале должен играть сам по себе, без необходимости знать, что происходит вокруг него, тогда вы просто накладываете свои дополнительные объекты сверху.