Простое использование сокетов не дает вам никакой безопасности.Правильный выбор зависит от приложения, систем, которые вы используете, и от того, насколько пользователи понимают, что им нужно сделать, чтобы использовать его.Например, если вы взаимодействуете с веб-сервером безопасным способом, вы, вероятно, в конечном итоге будете использовать для него TLS / SSL.Если вы просто передаете данные между двумя системами, использование ssh может оказаться наиболее удобным способом.
Когда вы говорите «безопасность», вы ищете зашифрованные данные в сети?Аутентификация взаимодействующих сторон?Оба?
Другой альтернативой является использование TLS / SSL, возможно, с инструментарием OpenSSL (и есть модули Perl с привязками для него.) Программирование сложнее, чем с ssh, и вам придется делать большеработайте над аутентификацией, чтобы он возвращался к тому, что вы пытаетесь сделать.
Кроме того, FTP тоже не безопасен сам по себе.