Raphaeljs даст вам удивительно хорошую поддержку кроссбраузера. Я пробовал почти год назад, и почти все демонстрации работали безупречно (хотя и немного медленно) в IE 6.
Я бы никогда не рассчитывал на нативную поддержку SVG в IE. Но Рафаэль преодолевает этот пробел, так что на самом деле вам пора.
Однако вы должны учитывать, что флэш-память часто обеспечивает меньший размер, лучшую производительность и абсолютно одинаковую работу в разных браузерах. С другой стороны, он работает довольно плохо как на Mac, так и на Linux (не обязательно означает, что он работает хуже, чем альтернативы).
Кроме того, flex - это полнофункциональный фреймворк, включающий привязку данных, удаленное взаимодействие, набор компонентов графического интерфейса с поддержкой скинов, доступность и многое другое.
Если вы собираетесь выбрать JS + DOM + SVG / VML / canvas, сделайте себе одолжение, чтобы не изобретать велосипед, а вместо этого использовать подходящий фреймворк, такой как qooxdoo .