У меня была такая же проблема с программой, написанной на другом языке (PowerBuilder, а не .Net, основанный на одном), который ведет себя точно так же. Должна быть проблема Windows, если она затрагивает не только WPF. Таким образом, должен быть способ обойти это.
Может быть, фреймворк неправильно запрашивает "мой" элемент панели задач, если он не активен.
Значок панели задач снова появляется при настройке фокуса обратно на приложение.
Это грубое решение (псевдокод):
application.Hide();
application.Show()
Другое решение (псевдокод):
application.SetRedraw(False);
application.Show();
application.SetRedraw(True);
Но это создает неприятное моргание. Решение, которое просто "реактивирует" или "перерисовывает" панель инструментов, было бы лучше!
Причиной проблемы (в моем случае не WPF) является то, что программа отображает пользовательский интерфейс до завершения конструктора главного окна. То есть принудительное перерисовывание / показ окна перед выполнением всего кода инициализации. Это, вероятно, заставляет Windows думать, что окно - это не приложение, а «диалог» заставки, а не назначение элемента панели задач. Когда мне удалось удалить код, который преждевременно отображал основной графический интерфейс, проблема исчезла.