В настоящее время я работаю над приложением квантовой химии на графическом процессоре. Насколько мне известно, квантовая химия является одной из самых требовательных областей с точки зрения общего времени процессора. было много работ, касающихся GPU и квантовой химии, вы можете исследовать их.
Что касается методов, все они с открытым исходным кодом. Вы спрашиваете о конкретной программе? Тогда вы можете посмотреть на pyquante или mpqc. для молекулярной динамики, посмотрите на hoomd. Вы также можете использовать Google QCD на GPU.