Если вы устанавливаете один и тот же компонент дважды, установщик Windows просто подсчитает количество ссылок при первой установке, поэтому разница между ними невелика. Если вы уже разделяете свои компоненты на модули слияния, вы гарантируете, что компоненты будут совместно использовать свои GUID, и вы получите такое поведение, и совместное использование компонентов не вызовет у вас никаких проблем.
Однако, если вы сделаете много маленьких MSI, так что для «пакетной» установки потребуется несколько MSI, вы потеряете транзакционную возможность установщика Windows - неудачная установка не откатит предыдущую установку - и вы, вероятно, надо смотреть на «цепочку» приложения. Я обычно стараюсь сделать как можно меньше MSI.