Версии, используемые .NET и установщиком Windows, направлены на различные проблемы. В .NET версия сборки используется загрузчиком, чтобы определить, какую версию сборки загрузить. Помните, что вы можете развернуть несколько версий одной и той же сборки в GAC и сделать их доступными одновременно. Вы даже можете иметь политики, которые указывают точную версию сборки для загрузки. У меня могут быть разные версии сборки A в GAC, и у меня есть приложение 1, использующее версию 1, и приложение 2, использующее версию 2. Хотя я не очень много знаю об установщике Windows, я думаю, что для сохранения используется версия и руководство по продукту. отслеживать, какая версия приложения установлена, чтобы он мог определить, является ли устанавливаемое вами приложение более новым, чем то, что уже установлено, и предупредить пользователя или сначала удалить его, либо позволить пользователю выбрать.