Если вы используете boost :: regex_match, то соответствует вся строка.
Может быть, вы хотите использовать regex_search:
void index(boost::regex& re,const std::string& input){
boost::match_results<std::string::const_iterator> what;
boost::match_flag_type flags = boost::match_default;
std::string::const_iterator s = input.begin();
std::string::const_iterator e = input.end();
while (boost::regex_search(s,e,what,re,flags)){
std::cout << what.position() << std::endl;
std::string::difference_type l = what.length();
std::string::difference_type p = what.position();
s += p + l;
}
}