Я думаю, вам нужно изменить последовательность файлов скриптов, иначе они не будут работать должным образом:
<script src="Scripts/jquery-1.4.2.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="Scripts/thickbox.js" type="text/javascript"></script>
<script src="Scripts/thickbox-compressed.js" type="text/javascript"></script>
<link href="App_Themes/Theme/Css/thickbox.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Кроме того: не являются ли "Thickbox.js" и "Thickbox-сжатый.js" разные форматы сжатия одного и того же модуля? В этом случае вы можете опустить один из них. Если вы хотите выполнить отладку внутри js, вам нужен «Thickbox.js», в противном случае достаточно «Thickbox-сжатый.js».