Я не уверен, почему у вас проблемы с двумя отдельными объявлениями .replace, но в любом случае, я верю, что вы можете связать их в одну декларацию, используя запятую, например:
sIFR.replace(neutra, {
selector: '#nav li, div span b',
css:[ 'a { color: #ffffff; text-decoration:none; font-size:14px} a:hover { color: #d75a60; text-decoration:underline;}'],
wmode: 'transparent', preventWrap: true ,forceWidth: true ,fitExactly: true ,forceSingleLine: true ,offsetTop: 0 ,offsetLeft: 0 ,tuneWidth: 0 ,tuneHeight: 0,
});