Я не думаю, что это поддерживается. Если это опция, исключите файл манифеста из клиентского jar:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-ejb-plugin</artifactId>
<version>2.2.1</version>
<configuration>
<clientExcludes>
<clientexclude>META-INF/MANIFEST.MF</clientexclude>
</clientExcludes>
...
</configuration>
</plugin>
Если нет, боюсь, вам придется выполнить некоторую постобработку (распаковать, изменить манифест, перепаковать архив) с плагином antrun.