См. здесь для получения информации о хостинге CLR, который имел отношение к CLR v2 (.NET 2.0, 3.0 и 3.5). Для получения информации о более новом CLR Hosting API в .NET 4.0, см. Здесь .
По сути, CLR действует как библиотека, которая может быть загружена и «размещена» процессом. Вы можете разработать приложение, которое загружает и размещает CLR, если хотите; это позволит вашему приложению содержать целую виртуальную машину CLR, загружать сборки и запускать в ней управляемый код .NET.
SQL Server 2008, например, может сделать это. Вы можете написать код .NET, который хранится в базе данных SQL Server и запускается из ядра базы данных SQL Server. SQL Server размещает CLR для достижения этой цели.
Хост CLR, отличный от оболочки Windows (обычный пользовательский интерфейс), может предоставить определенный контекст для запуска вашего кода. Это может быть полезно для специализированных приложений или очень специфических сценариев. MSDN (ссылка выше) содержит некоторые рекомендации по этим вопросам.