Вместо того, чтобы пытаться перезагрузить CLR, вы можете загрузить и разместить всю свою информацию в AppDomain , который вы создаете.
После этого вы можете управлять жизненным циклом AppDomain, включая выгрузку всего AppDomain и загрузку нового.
Это обеспечит большинство преимуществ, которые обеспечит перезагрузка CLR, без фактической попытки выгрузки CLR.