Вы можете использовать поставщика PowerShell для BizTalk.
Это позволяет вам создавать сценарии, помимо прочего, развертывать политику и словарь.
Это может обеспечить альтернативу MSBuild, которая, на мой взгляд, более приспособлена для разработки, чем для поддержки управления операциями.
Поставщик доступен на CodePlex:
http://psbiztalk.codeplex.com