Во-первых, рассмотрите возможность использования ConfigParser (configparser в 3.0, так говорится в документации). Это не решает проблему именования, но является удобочитаемой альтернативой xml для большинства нужд конфигурации.
Какое бы имя вы ни использовали, сделайте все части осмысленными. Я бы, вероятно, использовал что-то вроде appName.cfg, где appName идентифицирует ваше приложение или часть приложения, для которой предназначена конфигурация.