Посмотрите на определение re.sub
:
sub(pattern, repl, string[, count])
4-й аргумент - это счетчик, вы используете re.MULTILINE
(что равно 8) в качестве счетчика, а не флаг.
Вы должны скомпилировать свое регулярное выражение, если хотите использовать флаги.
re.sub(re.compile('^//', re.MULTILINE), '', s)
Аргумент flags
был добавлен в Python 2.7, поэтому полное определение теперь:
re.sub(pattern, repl, string[, count, flags])
Что означает, что:
re.sub('^//', '', s, flags=re.MULTILINE)
работает.