Я думаю, что есть недоразумение - элемент управления WMD выполняет преобразование Markdown в HTML в клиентском веб-браузере в JavaScript.
Но текст Markdown больше не находится на клиенте - он находится на вашем сервере, в вашей базе данных MySQL. Таким образом, вам нужна библиотека Markdown, которая работает на вашем сервере .
Попробуйте проверить вики-страницу Markdown, там есть десятки серверных библиотек Markdown.
http://xbeta.org/wiki/show/Markdown
Выберите один, поместите его на свой сервер и запустите на своем сервере, чтобы преобразовать Markdown в вашей базе данных в HTML.