Создайте подпапки и поместите весь VB-код в одну папку, а C # - в другую. В вашем случае у вас будет один для C #, а другой для VB
Вам нужно изменить web.config в элементе компиляции, чтобы включить их, чтобы компилятор знал, что нужно включить их в компиляцию
<codeSubDirectories>
<add directoryName="MyVBCode"/>
<add directoryName="MyCSharpCode"/>
</codeSubDirectories>