Вы можете использовать частичное недействительное использование перегрузок Invallidate (). передать прямоугольник в качестве параметра Invalidate () или вы можете передать 4 числа, чтобы сделать это.
Invalidate(new Rectangle(left, top, width, height));
Конечно, вы должны сделать недействительным старое и новое место прямоугольника.