Вы используете Groovy-Eclipse для Eclipse 3.5 в Eclipse 3.6, поэтому он не работает. Я удивлен, что вы даже можете установить его. Вам необходимо установить версию моментального снимка Groovy-Eclipse для 3.6. Доступен только zip-файл, а именно:
http://dist.codehaus.org/groovy/distributions/greclipse/snapshot/e3.6/
Загрузите архив и укажите ваш установщик p2 на zip. Вы можете установить 3,6 поток Groovy-Eclipse. Форматирование должно работать.
Если у вас все еще есть проблемы, посмотрите журнал ошибок и опубликуйте здесь все соответствующие исключения (но, думаю, все должно быть в порядке).