подфайлы - это очень простой пакет - он не пытается делать ничего, кроме управления макросами на уровне документа. Вам нужно будет выдавать \appendix
cs перед каждым включением подфайла.
Остерегайтесь различных латексных документов, совместно использующих вспомогательные файлы: если они это сделают, то субфайлы в основном не будут работать - вам будет лучше использовать пакет pdfpages , который упоминает absz.
Postscript Если вы хотите, чтобы вспомогательные документы имели свои собственные оглавления, вы должны либо изменить их вспомогательные файлы (по крайней мере, их файлы .aux и .toc), либо переключиться на другой механизм , Может быть minitoc подойдет лучше?