Мне все равно, что Apple это не примет, но как мне заставить приложение iPhone запускаться при включении iPhone?
Поместите plist в / System / Library / LaunchDaemons / с указанием пути к вашему инструменту, точно так же, как MacOSX.
Дело не в том, что Apple не примет это, а в том, что они просто не запустят его. Единственный способ добиться этого - сделать джейлбрейк телефона и поиграть с launchd.