Вы не можете легко сделать это. Задача Hibernate - сопоставить объекты Java с реляционной базой данных. Несмотря на то, что Hibernate абстрагирует много подробностей, вам все же необходимо понять, как реляционные базы данных работают с такими вещами, как внешние и первичные ключи, и влиянием на производительность выполняемых запросов. MongoDB требует совершенно другого способа проектирования базы данных, ориентируясь на объекты, а не на столбцы и таблицы. в то время как вы можете создать диалект Hibernate для MongoDB, создание дизайна, который будет работать как с реляционной базой данных, так и с базой данных NoSql, даст вам дизайн, который плохо работает на обоих.